Em reunião realizada na sede da Liga Sanjoanense de Futebol, as equipes classificadas para a 12ª Edição da Copa São João de Futebol Amador 2016 participaram do sorteio de horário e campo. Competirão as equipes do Esporte Clube Vila Nova, Sociedade Esportiva Grupo JCN, Sociedade Esportiva Recreativa Botafogo, ,Olaria São Pedro FC, Pratinha FC, Clube Atlético DER, Esporte Clube Durval e Sociedade Esportiva Sanjoanense.

Na ocasião, os representantes se inteiraram do regulamento, dirimindo as eventuais duvidas e por sorteio de horário e campo, ficou definida a primeira rodada para dia 3 de julho de 2016.
rodada do dia 3 de julho
Primeira rodada
Jogo 1 – Vila Nova x SESanjoanense
Jogo 2 – Grupo JCN e Clube Durval
Jogo 3 – Botafogo x DER
Jogo 4 – Olaria São Pedro x Pratinha
Dia 10-07-2016
semifinais
Jogo 5 – Vencedor do Jogo 1 x Vencedor do Jogo 4
Jogo 6 – Vencedor do Jogo 2 x Vencedor do Jogo 2
Dia 17-07-2016
Final
Vencedor do Jogo 5 x Vencedor do Jogo 6